Blast（Basic Local Alignment Search Tool），可謂生信領域zui常用的工具，拿到1段序列（測序

結果，或設計好的引物等等），1般都會去 blast 1下，查找相似序列。在查找相似序列的基

礎上衍生出了各種作用，比如鑒別基因組，蛋白質，查找特定靶區，檢驗引物特異性等等。

自打 1990 年由 Altschul SF 等人開發出來，NCBI 引進，至今還在改善，更新算法。

量身選用數據庫

做 BLAST 不僅要考慮選擇哪種算法，還要考慮選哪個數據庫來比對。我們zui常用的可能就人

1222類或小鼠基因組+轉錄組，但仍可根據自身情況選擇合適的數據庫，能大大節省檢索時間，

并提高返回的結果的質量和特異性。

不過這么多庫怎么選呢，可以點1下旁邊的問號（Help），查看選所的數據庫的說明：

再者，如果你已經知道你要查的序列來自哪個物種，或你要跟哪個物種比對，也可以在

Organism 選項框中輸入，也可以減少 BLAST 的操作程序，節省時間。

不同的序列要用不同的算法

1223BLAST 工具跟1套手術器械似的，不同的算法干不同的活，得根據自己需要的信息，選擇需

要的工具?？梢钥吹綑z索頁面上方有 5 個選項卡，分別代表 5 種查詢類型。

各大類之下可能還有幾個小分類可選：

它們的功能要點總結如下：

1224結果解讀

找1小段蛋白序列來試1下那個新算法 Quickblastp?？赡苁俏业男蛄刑塘?，并沒有感覺到

Quick (0.0) 如果你的序列夠長可以體會1下。

首先會看到1個表頭，展示這次比對的基本信息，如比對類型、序列長度、所選的數據庫等

等，就不貼圖了。

接下來就是圖形描述（Graphic Summary）。

1225第1部分是保守域，當檢測到時才會顯示。

第二部分是比對上的序列（hit）在查詢序列上的分布。有刻度的條帶是序列的坐標，其下的

每1個細條帶代表1段 hit，其顏色是按上方的顏色標尺顯示比例得分（alignment score），

得分越高，相似度越高。另外還可注意 E value，E 值越低，相似度越高，點擊可顯示詳細信

息。

保守域也可點開查看詳情，在每個 hit 上懸浮鼠標可看到它編碼的蛋白的 3D 結構圖以及功

能等詳細說明，在下方的列表中點開+號還可看到具體的序列。

1226這樣便可對你的序列特征和功能有個大致的了解