巨噬細胞是先天免疫系統的一種特殊的、長壽命的吞噬細胞。巨噬細胞是三種吞噬細胞類型之一，還有粒細胞（中性粒細胞、嗜酸性粒細胞和嗜堿性粒細胞）和樹突狀細胞（DCs）。 

       大多數病原體通過呼吸道、腸粘膜、皮膚病變或泌尿生殖道進入宿，NOI個遇到的就是在粘膜下組織中的巨噬細胞，它們通常是NOI個遇到病原體的防御細胞。一旦微生物進入宿主并開始復制，它就被其中一種吞噬細胞所識別，并被吞噬形成吞噬溶酶體，然后再經過酸化和酶處理，產生高活性一氧化氮和超氧自由基來殺死病原體，這一過程稱為吞噬作用。

     一般來說，巨噬細胞可根據其功能和活化程度分為兩個亞型：經典激活的M1巨噬細胞和交替激活的M2巨噬細胞。

M1巨噬細胞主要通過先天性和適應性免疫反應在Th1細胞募集、病原體抵抗和腫瘤控制中發揮作用，在免疫失調疾病例如系統性紅斑性狼瘡，多發性硬化癥，類風濕關節炎等會有高量的M1巨噬細胞存在。

 交替激活的M2巨噬細胞在病原體寄生蟲清除、抗炎反應和代謝、傷口愈合、組織重塑、免疫調節、腫瘤進展和惡性腫瘤中發揮作用，與M2細胞典型相關疾病就是過敏和哮喘。

       作為免疫系統的一部分，巨噬細胞在對抗疾病方面的調節作用外，巨噬細胞在慢性炎癥、自身免疫性疾病和癌癥中也扮演著消極的角色。在正常的免疫反應中，促炎性巨噬細胞受到調節，使得它們的促炎信號在數量和時間上受到限制。在長時間的免疫損傷過程中，巨噬細胞不斷地分泌調節失調的細胞因子。這些過程持續慢性炎癥，被認為在腫瘤的發生和發展中起著重要作用。

     一般研究巨噬細胞使用的就是流式細胞儀或是先用磁珠細胞分選產品((Dynabeads FlowComp Human CD14 Kit貨號11367D)從PBMC懸浮液中分離出CD14+單核細胞。分離的巨噬細胞可以進一步培養和刺激，M1和M2極化的巨噬細胞可以通過用不同的細胞因子依次刺激單核細胞而獲得。用RPMI 1640培養基和10%FCS收獲的細胞可隨后用10ng/mL脂多糖（Invitrogen eBioscience lipopolysaccharide貨號00-4976-03）和50 ng/mL IFN-γ（Gibco-IFN-γ重組人蛋白，貨號PHC4031）獲得M1巨噬細胞或用20 ng/mL的IL-4（Gibco-IL4重組人蛋白，貨號PHC0041）。獲取M2/M2a巨噬細胞。用免疫復合物和IL-1b或LPS治療會導致M2b活化，而添加IL-10、TGF-b或糖皮質激素會導致M2c活化。巨噬細胞類型可通過流式細胞術在其表面的某些標記物的表達來識別及進行功能研究，如下圖和表內所示。

          接著巨噬細胞的細胞裂解物或細胞培養上清液可用于qPCR分析、western blotting或各種免疫分析如ELISA ，Invitrogen ProcartaPlex 多因子，Invitrogen ProQuantum高靈敏試劑盒分析各種細胞因子的變化。巨噬細胞功能也會通過吞噬試驗來研究，下表推薦了常用的吞噬實驗用試劑。

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