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一、原理采用堿變性發抽提取質粒DNA。該法是基于染色體DNA與質粒DNA的變性預復性的差異而達到分離目的的。在PH大于12的堿性條件下,染色體DNA的氫鍵斷裂,雙螺旋結構解開變性。質粒DNA的大部分氫鍵也斷裂,但超螺旋共價閉合環狀結構的兩條互補鏈不會完全分離,當以pH5.2的乙酸鈉高鹽緩沖液調節其pH至中性時,變性的質粒DNA又恢復到原來的構型,保存在溶液中。而染色體DNA不能復性而形成纏連的網狀結構。通過離心,染色體DNA與不穩定的大分子RNA,蛋白質-SDS復合物等一起沉...
我們知道,在細胞培養檢測實驗在實驗儀器、培養基等等工作上都要耗費不少的人力和體力。好在很久以前就有高人發明了細胞保存這個實驗步驟,將暫時多出來的細胞冰凍保存,以極大程度保存細胞活力。一、細胞冷凍保存1.材料:生長良好之培養細胞、新鮮培養基、DMSO(SigmaD-2650)、無菌塑料冷凍保存管(Nalgene5000-0020)、0.4%(w/v)trypanblue(GibcoBRL15250-061)、血球計數盤與蓋玻片、等速降溫機(KRYO10SeriesII)2.冷凍...
1AGPG被鑒定為作為代謝相關的LncRNA為了發現對ESCC發育有顯著影響的致癌LncRNA,我們首先從腫瘤基因組圖譜(TCGA)數據庫中鑒定出在ESCC組織中表達高于成對相鄰正常組織的LncRNA。然后,我們根據log2差異倍數對這些LncRNA進行分類。接下來,我們建立了一個siRNA庫,對于siRNA進行篩選,這些siRNAs還包含了TARGETplus上的專有雙鏈化學修飾,以確保zui佳的鏈負載和干擾類似microRNA的種子活性,從而減少非目標效應。為了確定可能改...
1、腎臟生物鐘和近日生理學我們早就知道,人體腎臟生理的一些參數在一天24小時內都遵循特定的晝夜節律(如圖1所示)。1950年,Sirota等人就招募了18名健康成年人,對腎功能的日變化進行了初步的探索,研究結果表明與白天相比,夜間的排尿量明顯減少。此后不久,Mills和Stanbury進行了另一項研究,他們對健康的成年受試者進行12小時的特定訓練來代替正常24小時模式,結果發現尿鈉和尿鉀的日排泄不受以12小時為周期的進食、飲水和睡眠模式的影響017年諾貝爾生理學或醫學獎授予了...
能量代謝的重編程是由基因組不穩定引起的腫瘤的1個標志。在腫瘤進展中廣泛存在的代謝紊亂為癌細胞的生長和分裂提供了必要的來源。與正常成人組織相比,腫瘤內的碳水化合物、脂質和氨基酸代謝可能發生顯著的轉化變化(圖1)。公認的癌癥相關的代謝變化包括:葡萄糖和氨基酸攝取失調、利用營養獲取的機會模式、利用糖酵解/三羧酸循環(TCA)、用于生物合成和NADPH生產的循環中間體,以及對氮需求的增加。研究腫瘤異常代謝的機制對制定有效的腫瘤治療策略具有重要意義。這些能量代謝的重新定向是由蛋白質和非...
1從培養的CCLE細胞系中提取代謝產物體外培養20種主要癌癥類型的928個癌細胞系,用于124種極性代謝物和101種脂類的代謝組學分析(圖1a)。使用層次聚類來評估細胞系之間的代謝相似性。兩個主要的聚類與造血系和非造血系有很強的相關性,表明這兩組的主要代謝是有差異的(p1×10−10,Fisher’s確切檢驗)。為了進一步量化代謝物水平(y)與主要癌癥譜系(X)的關系程度,采用線性回歸模型進行分析。結果表明,225個代謝物中有148個的譜系...
大家在讀醫學研究文獻時常常會看到1種不明覺厲的研究技術,叫“Acyl-biotinylExchange”,12271228翻譯過來就是“?;?生物素交換法”。這種方法主要用于研究蛋白質所發生的翻譯后修飾。大多數蛋白分子都有多個不同的翻譯后修飾機制,用以調節蛋白功能。蛋白質zui常見的翻譯后修飾方式叫磷酸化,主要發生在絲氨酸、蘇氨酸等殘基位點上,常常通過特異性的抗體進行檢測。除了磷酸化之外,蛋白質的翻譯后修飾的方式還有很多,例如糖...
Blast(BasicLocalAlignmentSearchTool),可謂生信領域zui常用的工具,拿到1段序列(測序結果,或設計好的引物等等),1般都會去blast1下,查找相似序列。在查找相似序列的基礎上衍生出了各種作用,比如鑒別基因組,蛋白質,查找特定靶區,檢驗引物特異性等等。自打1990年由AltschulSF等人開發出來,NCBI引進,至今還在改善,更新算法。量身選用數據庫做BLAST不僅要考慮選擇哪種算法,還要考慮選哪個數據庫來比對。我們zui常用的可能就人1...
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